益生菌與維護消化道菌叢平衡息息相關，一般人也知道其對於過敏有益處，卻不清楚益生菌其實對於8大病症 (腸道健康、免疫調節、代謝調節、減緩神經精神退化、預防蛀牙、牙周病保健、緩解骨質疏鬆症，以及緩解結腸直腸癌化療副作用) ，也具有保健功效！
事實上，益生菌從傳統保健產品，進入最新發展的次世代益生菌、糞便菌群移植，以及在精準醫療、再生醫療扮演關鍵角色的胞外泌體（exosome），益生菌的健康益處，可說廣為眾人所知。臺灣大學生化科技學系名譽教授、也是臺大益生菌之父潘子明博士，在其《潘子明益生菌健康研究室：科學實證益生菌對8大病症的保健功效》一書中表示，益生菌對8大病症的保健功效包含：
益生菌8大保健功效
1.腸道健康：改善腸道菌相、便祕、腹瀉型腸炎與預防胃黏膜損傷。
2.免疫調節：提升免疫力、緩和過敏反應、改善異位性皮膚炎。
3.代謝調節：調降血脂、血糖、血壓及體重控制。
4.減緩神經精神退化：改善中風與失智等身心記憶衰退。
5.預防蛀牙：減少致齲菌在口腔內黏附量與生長。
6.牙周病保健：減少致牙周病細菌菌數、改善齒槽骨流失與牙周發炎等。
7.緩解骨質疏鬆症：對停經後雌激素缺乏造成骨鬆有明顯緩解與預防效果。
8.緩解結腸直腸癌化療副作用：抑制癌細胞生長、改善厭食與嘔吐虛弱等。
益生菌能緩解結直腸癌化療副作用
世界衛生組織預測未來20年因癌症死亡人數占所有死亡人數比率將增加到70%，依據衛生福利部2021年統計資料顯示，結直腸癌是國人癌症死因第三位，也是發生率最高的癌症，不論是男性或女性皆為死亡率之第三位。目前主要治療大腸癌所採用的方法，是病人接受外科手術切除腫瘤後，輔助給予化學療法。
目前使用化療藥物治療結直腸癌相當普遍，但化療藥物 5-氟尿嘧啶（fluorouracil, 5-FU）常常使病患產生嚴重的副作用，如厭食、嘔吐、虛弱、免疫抑制等。潘子明教授的研究團隊發現NTU 101發酵產物與化療藥物5-FU合併使用，可輔助抗癌藥物的效果。
有關益生菌的迷思也不少，例如：益生菌就是乳酸菌嗎？益生菌產品號稱活菌數目越多就越好嗎？益生菌的菌株種類數目越多，益生的效果就越好嗎？益生菌常吃會有依賴性嗎？
益生菌就是乳酸菌嗎？
益生菌（probiotics）並不等於乳酸菌，但大多數益生菌屬於乳酸菌中的雙歧桿菌（Bifidobacterium）和乳桿菌（Lactobacillus）。參照FAO/WHO建議的說法，益生菌是指一類活的微生物，當攝入足夠量時，可以對使用對象的健康發揮有益作用，包括調節腸道菌群、促進營養物質吸收和調節免疫等。而乳酸菌（lactic acid bacteria, LAB）一般是指能發酵醣類並主要生成乳酸細菌的總稱，其並非一個嚴格的微生物分類名稱。
益生菌活菌數目越多就越好嗎？
並非所有益生菌的作用都一樣，民眾可以依據需求選擇適當菌種及菌株，來達到保健功效。但民眾選擇益生菌產品時，要知道活菌數越多，其益生效果不一定越好，重點是菌株特性。而且益生菌並非萬靈丹，並不能包治百病，目前大多數科學家認同，益生菌能夠調節腸道菌群，促進營養物質在腸道內的消化、吸收和代謝，有益人體健康。
益生菌常吃會有依賴性嗎？
此外，常吃益生菌並不會產生依賴性，益生菌要長期吃才能真正有益腸道健康。空腹吃益生菌最能發揮功效，而且要避免搭配熱水熱飲喝。
益生菌輔助維持腸道細菌動態「平衡」
一般而言，人體腸道會存在和平共處的正常微生物，當其數量及種類減少時，則會被一些致病性病原菌取代而造成失調現象（dysbiosis），進而引發很多疾病，長年佔臺灣國人死亡率第一位的癌症就是其中一種。腸道中有好菌也有壞菌，特定的細菌會釋放出內毒素及其他有害分子，經腸壁滲漏至血液中，觸發人體的「免疫反應」，導致「發炎」，對全身各個系統造成傷害，若要避免疾病甚至是癌症的發生，維持腸道細菌動態的「均勢」與「平衡」，是非常關鍵的一件事。正確適當補充符合自己需求的益生菌，是不錯的選擇。